Početkom 1702. god. počela je gradnja franjevačkog samostana i crkve Sv. Franje u neposrednoj blizini crkve Sv. Antuna opata. Prvi put se tada u Rovinju upotrijebio eksploziv za mine kad se morao bušiti živi kamen za veliku samostansku cisternu. Crkva je bila dovršena 1710. god., ali je svečano posvećena uslijedila mnogo kasnije. Samostan je još bio u gradnji i najprije je bio samo "hospicij", a kasnije 1746. god. proglašen je samostanom.
Crkva je posvećena 13. 4. 1750. uz velike svečanosti i to sv. Franji Asiškom. Prostrana je i velika. Iza glavnog oltara je polukružni kor za redovnike. Orgulje su postavljene 1882. god., a gradio ih je Ljubljančanin Eduard Kunad. S lijeve strane glavnog oltara je ulaz u samostan i sakristiju, a s desne u kapelu Bezgrešnog Začeća. Dva druga oltara su u lađi crkve. Jedan je posvećen sv. Petru iz Alcantare, a drugi Raspeću Isusovu.